单细胞蛋白质组学(Single-Cell Proteomics, SCP)是当前生物医学领域的一项前沿研究方向,旨在解析单个细胞的蛋白质表达谱及其动态变化。传统的蛋白质组学技术通常关注于细胞群体或组织层面,难以揭示单细胞的异质性。然而,细胞群体的异质性对组织功能、生物学机制以及疾病的进展有着重要的影响,因此迫切需要开发针对单细胞的精准检测工具。近年来,基于质谱技术的单细胞蛋白质组学取得了显著进展,检测灵敏度和通量不断提高,但在单细胞内部实现数千种蛋白质的高重复性定量仍面临一定挑战。
为了解决这些问题,麻省理工学院与哈佛大学布罗德研究所的Steven A. Carr和Claudia C. Torchiani团队提出了一种专用的样品制备芯片——proteoCHIPEVO96技术,并结合Evosep One液相色谱系统,构建了一个高效、高通量、低损耗的单细胞蛋白质组学分析平台。这一技术不仅推动了单细胞蛋白质组学领域的进步,还为研究复杂的生物学问题提供了创新的解决思路。
在此工作流程中,采用proteoCHIPEVO96的新方法,单细胞样品被直接转移至Evosep系统以进行在线脱盐和分离,显著提升了蛋白质检测的深度和通量,并展现了在单细胞水平上解析复杂生物现象的能力。此外,该技术支持全自动化操作,优化了单细胞样品的准备和进样流程。
2024年7月,麻省理工学院与哈佛大学布罗德研究所团队在《Nature Communications》上发布了关键研究成果,强调了proteoCHIPEVO96技术的优势,特别是在减少吸附肽损失方面。这种低吸附的微机械PTFE芯片能够有效减少样品在转移过程中的损失,改善了蛋白质组的回收率。
该研究同时比较了手动进样与自动化进样对样品转移的影响,发现每种方法的蛋白质组识别数量存在显著差异。自动化流程提升了样品的重现性,证明了proteoCHIPEVO96在样品处理中的显著优势。此外,通过优化timsTOF获取方法,该团队还展示了该技术在提高蛋白质回收率和样品通量方面的潜力。
研究中还探讨了使用基于proteoCHIPEVO96的单细胞样品在识别LPS诱导的蛋白质组变化中的应用。通过处理人白血病单核细胞系,成功识别和分析了多达1537个蛋白质,为理解细胞响应及机制提供了数据基础。该项研究表明,利用proteoCHIPEVO96的工作流程在单细胞蛋白质组学中具有很大的实用前景。
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